Depuis la saison 1965-66, date de son apparition initiale en Ligue des Champions (élimination d'emblée par le Partizan de Belgrade), le FC Nantes Atlantique totalise vingt et une qualifications, toutes Coupes d'Europe confondues, pour quarante-deux années de présence ininterrompue en première division française.

Ce total comprend huit engagements en Ligue des Champions (C1) en comptant la saison 2001-2002, deux en Coupe des vainqueurs de coupe nationale (C2) et onze en UEFA (C3). Dans ce palmarès, deux résultats se détachent : une demi-finale (2-1, 0-4) face à Valence en C2 (1979-80) dont le score - très favorable aux Espagnols - traduit mal l'acharnement nantais à s'imposer ; une demi-finale (0-2, 2-3) en Ligue des Champions remportée par la Juventus de Turin. Pourtant, au terme d'un match retour héroïque au stade de la Beaujoire, il s'en fallut de peu pour que les Canaris réussissent l'exploit !

Enfin, les joueurs en jaune et vert ont disputé les quarts de finale de la Coupe UEFA à deux reprises : en 1986, ils sont éliminés par l'Inter de Milan (0-3, 3-3) ; en 1995, ils sont défaits par le Bayer Leverkussen (1-5, 0-0).
En 2000-2001, après un bon début de parcours, ils ont chuté à Porto en huitième de finale aller de l'UEFA, s'inclinant 1-3. Au retour, malgré un succès 2-1, ils n'ont pu renverser la tendance.